고교생이면서 유명한 탐정인 쿠도 신이치는 어느날 어떤 사건에 휘말리게 된다. 훌륭히 사건을 해결하고 돌아가던 도중 신이치는 사건이 일어났던 유원지에서 마주쳤던 검은 코트의 사나이들중 한 명이 수상한 행동을 하고 있는 것을 발견하고 함께 있던 소꿉친구 모리 란을 먼저 돌려보낸 후 검은 코트의 사나이들을 쫓는다.
수상한 암거래 현장을 목격한 신이치는 그 현장에 정신이 팔린채 있다가 다른 검은 코트의 사나이에게 공격을 받는다. 그리고 그들은 신이치를 조직에서 새로 개발한 약의 실험대상으로 삼는다. 그러나 그 약의 부작용으로 신이치는 꼬마가 되어버리고 만다.
꼬마가 되어버린 신이치는 에도가와 코난으로 이름을 바꾸고 란의 집에 신세를 지면서 초등학교를 다니게 된다. 초등학생이 된 신이치는 그 추리력으로 계속해서 여러 사건들을 해결하며 자신을 어리게 만든 조직의 발자취를 쫓는다